מרגע קליית פולי קפה הוא הופך לרגיש ויכול לאבד את הטעמים והארומה שלו. כדי להבטיח שהקפה תמיד יהיה במיטבו, יש למזער את החשיפה לאוויר, לחות וחום. אחסון פולי קפה לא טחונים בתוך מיכל אטום הוא אופטימלי.
להקפיא או לא להקפיא: זו השאלה. התשובה היא, באופן אידיאלי, אף פעם לא. למרות שהקפאה יכולה למנוע חמצון והופכת אותה לפיתרון לטווח ארוך, פולי קפה יכולים לספוג לחות, ריחות וטעמים לא רצויים מהמקרר או מהמקפיא שלכם. במקום זאת, אחסן אותו במקום חשוך וקריר כמו מגירה או מזווה.
תערובות פולי קפה קלויות, קפה חד-זני טחון מראש ופולי קפה ירוקים קלויים ביתית - חיי מדף שונים. כמה זמן ניתן לאחסן אותו תלוי באופן השימוש בו.